吉首大学创办于1958年9月，是办在湘鄂渝黔四省（市）边区的具有地方性、民族性的湖南省属综合性大学，由吉首校区和张家界校区组成，本部在湘西土家族苗族自治州首府——吉首市。

     1960年，湖南高校调整，吉首大学改为师专，保留校名。1978年8月，国务院批准吉首大学改建为省属综合性大学。1979年学校开始招收本科学生。2000年8月，原吉首卫生学校并入吉首大学，组建医学院。2002年10月，原张家界市武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校成为硕士学位授予权单位。2006年6月，湘西州人民医院并入吉首大学，成为学校第一附属医院。

     学校占地119.1万平方米，校舍40.68万平方米，生均86.06平方米，其中教学行政用房19.92万平方米，生均14.38平方米；学生宿舍12.33万平方米，生均8.90平方米；教学科研仪器设备总值10335.85万元，生均7257元；图书文献总量155.39万册，生均109.1册， 其中纸质文献资料125.68万册，生均88.2册，电子文献29.71万册，生均20.9册；建有高水平的校园网。

     学校面向全国28个省(市)、自治区招生，湖南西部地区是主要生源地。截至2006年6月，全日制在校本专科学生12901人，硕士研究生112人，少数民族预科生383人，留学生8人，成人教育学生2763人(其中脱产生442人，夜大生465人，函授生1856人)，各类在籍学生数16167人。

     学校现有专任教师905人，其中高级职称371人，占专任教师总数的41%（教授74人、副教授2 49人、其他系列48人）。具有硕士及以上学位的365人，占专任教师总数的40.3%（博士57人 、硕士308人）。在读硕士271人、博士32人。教师中享受国务院特殊津贴专家12人，全国优秀教师8人，全国师德先进个人1人，全国模范教师1人，湖南省首届教学名师1人，湖南省优秀教师3人，湖南省优秀中青年专家4人，湖南省新世纪121人才工程第一层次1人、第三层次 2人，曾宪梓教育基金奖3人，湖南省劳模1人，湖南省跨世纪学术带头人1人，湖南省高等学校学科带头人6人，2000年以来湖南省青年骨干教师36人，湖南省教育系统“芙蓉百岗明星”4人，湖南省高校思想政治工作十佳优秀领导1人，湖南省巾帼建功标兵2人。

     学校现有本科专业42个、硕士点19个，涵盖除军事学以外的11大学科门类，省级重点专业8个，省级重点学科2个，省级重点建设学科1个，省部级重点研究基地5个，湖南省重点实验室1个。

   “十五”期间，学校建成8个省级重点专业——汉语言文学、体育教育、音乐学、物理学、生物科学、食品科学与工程、工商管理、新闻学；获国家教学成果二等奖1项，省级教学成果一等奖3项、二等奖2项、三等奖10项。有省级精品课程3门——毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论，民族传统体育，声乐。学生参加国家、省级大赛屡获大奖，共获国家级各类奖项48项，省部级各类奖项115项，其中获全国大学生“挑战杯”课外科技学术竞赛一等奖1项；全国大学生数学建模竞赛一等奖1项；全国大学生电子建模竞赛三等奖1项；全国大学生英语竞赛特等奖1项；全国体育教育专业大学生基本功大赛一等奖5项（囊括理论知识竞赛的全部第一）；国际合唱节银奖1项；全国大学艺术专业舞蹈大赛表演一等奖、编导一等奖各1项；“用友杯”第二届全国大学生ERP沙盘模拟对抗赛团体二等奖1项等。外国语学院英语专业2004级学生参加全国大学生专业英语四级统一考试一次过级率为65.43%，高出全国平均水平10.1个百分点；日语专业2004级学生参加全国大学生专业日语四级统一考试一次过级率为85.96%，高出全国平均水平21.86个百分点。近三年本科生年度就业率保持在93%以上。

     办学48年来，学校共培养了50000余名各类高级应用型人才，绝大部分毕业生扎根湘西贫困山区和少数民族地区。据湘西自治州2006年7月不完全统计，分布在湘西州各条战线的吉首大学毕业生有30000余人。全州各类学校教师总数26937人，其中吉首大学毕业生16398人，占60.87％，占中学教师的75.5％，中专教师的60.37%，大专院校教师的39.58％（不含吉首大学）。行政事业单位科级以上干部11493人，其中吉首大学毕业生5174人，占45％。全州处级干部1082人，其中吉首大学毕业生597人，占45.4%。在学校历届毕业生中，优秀人才辈出，如原湖南省委书记杨正午、原湖南省人大常委会副主任吴运昌、全国“五一劳动奖章”获得者——湘西州民中教师米立华、上海市“十佳青年”曾六川、著名青年作家彭学明、文化实业家刘文武、著名学者宋守根、全国优秀乡镇企业家田儒斌等。

   “十五”间，学校承担各级各类科研课题440项，其中国家自科基金、社科基金课题31项，获省部级科技成果奖30项。成果转化的经济和社会效益显著。美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。从猕猴桃中提取的“果王素”经鉴定“达到国内领先水平，填补国际空白”，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近10万农民摆脱贫困。湘西矿产资源和植物资源的研究成果已经孵化出近10家高新技术企业。湘西民族历史、文化研究带动了湘西旅游产业的蓬勃发展。区域经济及开发模式研究多项成果被各级政府和企业采纳。

     长期以来，学校坚持社会主义办学方向，加强精神文明建设，取得显著成效。“十五”期间先后获得“湖南省文明单位”“湖南省优秀事业法人单位”“湖南省依法治校先进单位”“全国精神文明建设先进单位”“全国民族团结进步模范集体”“全国绿化模范单位”“全国高校后勤工作先进集体”等荣誉称号。

     近些年来，党和国家领导人朱镕基、曾庆红、尉建行、曾培炎、陈至立、杨汝岱、罗豪才等及教育部领导周济、周远清、张保庆、柳斌、赵沁平、陈小娅等先后来校视察指导工作。朱镕基总理称赞“吉首大学是湖南的骄傲”，曾庆红副主席充分肯定“吉首大学具有特殊价值”。湖南省委、省政府领导视察学校时动情地说“如果不办吉首大学，湘西会更落后；吉首大学解决了省委、省政府的西顾之忧”。湘西州委、州政府领导说“湘西州的发展离不开吉首大学”。

     著名教育学家潘懋元高度评价学校服务地方的办学成就和办学特色，并在《中国大学教学》2005年第12期撰文向社会推介。

     中央和省级各类媒体将学校誉为武陵山区的“希望大学”，湖南西部地区思想文化的“高地”，人才培养的“摇篮”，科技创新的“基地”和城市形象的“名片”。